送别颜思齐后，使节团在王梦熊水师护送下朝着福建而去，船队在大海上航行了五日后终于回到了福州。
回到巡抚衙门后的第一件事，就是向巡抚朱钦相禀报整个出使的经过。孙越陵将这次出使台湾的前前后后详细地向朱钦相叙述了一遍，直把朱钦相听得脸色数变，眉头深皱，最后听到他们逃出热兰遮堡，联合当地汉人势力反攻获胜、逼得荷兰人不得不妥协的时候悬着的一颗心才放了下来，对着他笑道：“本抚果然没有看错孙臬台，如此凶险异常、困难重重的使命，非你不能完成。”
孙越陵重重吸看一口气，沉声道：“中丞，属下这次出使台湾，本来一帆风顺，如果不是许心素挑唆离间的话，岂会遭此重重困厄？许心素虽然逃脱，但其背后主使者乃是总兵俞咨皋，此人通番误国、垄断海贸之罪不可饶恕，还请中丞为我主持公道，不可让那些为国牺牲的壮士们的血白流！”
朱钦相闻言紧锁双眉，一言不发。这次使节团出使台湾虽说达成目的，但也付出了惨重的代价，这些情况他都了然于胸，只是孙越陵所说的问题过于严重，他一时之间也难以回答。
孙越陵见他不答，继续说道：“大人，福建军方糜烂如斯，俞咨皋坐镇一方，罔顾朝廷法度，已有割据一方之迹象。还望大人为大明朝廷，为天下百姓着想，千万不可放纵这种情况的发生。”
这话说的很重，朱钦相听后脸色更是沉重，不由思忖起来。孙越陵的话不无道理，俞咨皋这些年以来确实是独掌一方，对朝廷的法令敷衍应对，就连巡抚衙门发出数道指令都置若罔闻。可是，他转念又一想，俞咨皋树大根深，最近又攀附上了魏忠贤这个权阉，要对付他恐怕是困难重重，凭他现在的力量恐怕难以办到。
想了半天，终于还是叹了一口气，道：“不是我不想对付俞咨皋，只是对方实力过于强大，只怕你我二人还扳不倒他。”
孙越陵急道：“中丞，只要你我联名上书一同弹劾，将俞咨皋通番误国，包庇海盗的事情历数上奏，我就不信今上不会治他之罪，别说今上，恐怕就是朝廷的任何一位大臣都难以容忍武将坐大一方，罔视朝廷。”顿了顿，又道，“俞家在福建经营多年，水拨不进，针插不入，早就惹起了朝中许多人的不满，也许我们的这一道弹折，会是压死骆驼的最后一根稻草也说不定？”
朱钦相苦笑摇头，道：“孙臬台，如今俞咨皋已经依附了阉党，只要魏忠贤保他，别说区区一道弹折，就是他罪证确凿也难以入罪。再说了，你我的指责多是臆测，并无真凭实据，恐怕此举还会引火烧身，对自己不利。”
话说到这个份上，孙越陵知道朱钦相终究是不肯与他一起弹劾俞咨皋，气道：“既然大人不肯上折，那么属下一人上折便是，就算参不倒他俞咨皋，也要在皇上心中埋下这一颗种子，让朝中的臣工们知道俞咨皋的势力已经扩大到何处地步，竟然能够随意左右朝廷的法度，并且还敢派人袭杀朝廷命官！”
朱钦相道：“孙臬台不可意气用事，你这样做只会给自己惹来灾祸，断不是上策。”顿了顿，续道，“你可知最近朝廷发生的事情？”
孙越陵心中一惊，道：“大人指的可是杨涟等人？”
朱钦相点了点头，叹道：“东林失势，阉党坐大，杨涟、左光斗等六人被魏阉抓捕回京，下入诏狱，如今六人已经全部遇难，无一生还。”看着孙越陵，继续道，“阉党已经开始清洗我东林，只怕你我二人就算离京万里，也躲不过这场祸事。所以你此时上书弹劾，断不是明智之举。”说罢再次叹息，眉目之间忧愁更甚。
孙越陵闻言无语，随着东林的失势，前有“六君子”、后有“七君子”之狱，都是阉党对东林展开的报复手段，这些事的大概他还是知道的。可是，要他强忍一口气，而对俞咨皋这个老家伙完全没有任何动作，他决计做不到。虽说阉党势大，但他相信天启一定还是信任他的，否则便不会在东林皆遭贬斥的时候偏偏重用他。
而且，经过上次的海盗风波可以看出，天启还是站在他这一方的，否则他擅自斩杀张汝贞的时候就应该被夺职处理。孙越陵此时铁下一条心来，纵然是天道晦暝，世道无良，也要弹劾他俞咨皋这么一回，否则对不他的良心，对不起随他赴死的众多属下，对不起大明的衣冠百姓。
主意打定之后，整个人反而变得放松下来，孙越陵对朱钦相正色道：“既然如此，那么此事属下心中自有分寸，懂得如何去做。大人尽管放心，属下一定不会牵连大人！”说罢，作揖施礼，阔步而去，将愣愣看着他的朱钦相独自留在那里。
回到住所后，他连夜写就了一番奏折，将自己出使台湾的经过大致叙述，并着重说明了此番出使所遇到的困难并不是来自外部，而是来自于内部，尤其是来自军方的掣肘。在这篇奏折中，虽然没有明说俞咨皋，但字里行间所言诸事，无不是指向他这个一方总镇。这还不够，孙越陵还特意将俞咨皋试图拉拢他一起经营海贸的事情详加叙述，并指出俞咨皋和许心素关系非同一般，许心素之所以能够垄断海贸无法无天，背后就是俞咨皋在支持。
当这封奏疏被官差快马送往京师之际，孙越陵长舒了一口气，他不知道这封奏疏会带来什么样的影响，但他该做的已经做了，他对天启，对大明，可说是忠心耿耿，毫无二心，问心无愧。
除此之外，他还写就一封《海贸公私疏呈》上呈朱钦相，在这封奏疏中，指出了官府垄断海贸的弊病，并结合当前海事贸易的具体情况，详细说明开海禁、行贸易的必要性，官府只要加强监督和引导即可，不必约束商贩，更不能规定船引数量，一切都要任其而行，鼓励民间百姓多多参与海洋贸易。
这封文书呈上去之后，朱钦相没有任何表示，孙越陵知道事情不能强为，只能慢慢劝导和解释了，也许再过一点时间，朱钦相就能看出控制海贸带来的弊端，从而调整策略也说不定。
接下来的一段时间，孙越陵继续和陆文衡一起处理“跨海开台”事宜，征召了第二批前往北港的戍民，并将他们送上了开往台湾的海船。