翌日，孙越陵力排众议，再次带人前往热兰遮堡和宋克举行会谈。
这一次，荷兰人没有了以往那种嚣张至极的神色，态度极为谦恭友善，宋克更是对着孙越陵行了俯身半跪的大礼，隆重款待了使节团一行。
孙越陵此次的态度比任何一次商谈都要强硬，接连提出了许多令荷兰人感到难以接受的条件。宋克不敢顶撞，而是小心翼翼地提出了反对意见，对明方的苛刻条件进行了抗争。
经过半日的商谈，双方终于达成初步协议，由双方书办写成文字记录在册，签字盖印，各执一份。
在这份文书里，明方主要提出了三大条件：一是往后荷兰人必须按照明国的海贸政策来进行贸易，不得私自勾连海商走私；二是从此热兰遮镇要实行高度自治，不再依附荷兰人的管理。本来这第二条孙越陵打算让明国来对热兰遮镇行使主权，但宋克等坚决不答应，无奈之下只好折中如此。这样一来，虽说热兰遮镇仍要处在荷兰人的影响之下，但毕竟名义上不受其统辖，万一有变大明随时能够派员介入；三是荷兰人必须交出被明国通缉的海盗许心素，并且保证从此以后不再包庇任何被明国官府通缉的要犯，不得与明国官府作对。
除此三大协定之外，还有一些附属的小条件，经过双方的反复商谈，也都取得了一致的看法。
商谈完毕之后，孙越陵向宋克提出了要其归停留在港湾内的使节团商船，宋克自然是一口应允，并恳求孙越陵一行在热兰遮堡共进午餐后才行离开。
到了这个时候，孙越陵不担心荷兰人心口不一，就算是他们心中不服又怎样？在现今的情势下，台湾的汉人势力在他的干预之下已经得到了大幅的整合，北港的颜思齐部和热兰遮镇的李旦部已经彻底效忠于明朝，就连台南大肚王国的势力也和明朝交好。
荷兰人的兵力并就不多，在热兰遮镇一战当中又损耗过半，实力大伤。作为一个远涉海洋而来的他国势力，荷兰人如今能在台湾站住脚已经非常不错，更遑论用武力征服整个台湾了，要是荷兰人继续对台湾的其他势力采取打压态度的话，消耗战一旦打起来，他们能够从台湾全身而退都是问题。
孙越陵不知道他这么横插一脚，会不会对将来台湾被荷兰人所统治的历史产生影响，但他知道的是，按照目前的局势发展下去，只要台湾的汉人势力能够继续保持团结一致，少出一些像许心素那样的卖国贼的话，那么荷兰人要想完全掌控台湾永远不可能变成现实。
达成协议后，孙越陵将命令交代下去，各方尽快处理完善后事宜，并且往后要按照大明的政策来行事，务必恪守大明和荷兰达成的协议，不能违背，更不能挑起纷争。
接下来的十数日孙越陵都留在热兰遮镇，一边指导他们成立商会联盟进行自治，一边命令手下准备各式物资用具以备返程事宜。岂料，颜思齐说什么也不答应孙越陵回闽，强烈要求他一定要前往北港巡视，看一看在他手中达成的“跨海开台”之事的落实情况。孙越陵无法，只得答应了颜思齐的这个请求，决定先去北港巡查一番后，再返航回福建。
这日，傲天门的门主傲福永带着手下前来向孙越陵作别。因为孙越陵要去北港，而傲福永等人诸事完毕，不能在台湾久留，所以要先行一步返航。
孙越陵明白傲福永的心情，傲天门本就每况愈下，如今又有傲天行这等重将陨亡，他心中岂会快乐，不由拉着他的手宽慰道：“傲天行不仅是你的叔父，更是孙某的故交，如今他罹难台湾，也算是为国捐躯，官府一定不会忘记你们的奋勇之功。门主尽可放心，只要有我孙越陵一天在，定为你们傲天门保驾护航，让你们早复往日荣光！”
傲福永瘦弱脸庞上的悲伤神情化作了一片感动神色，对着孙越陵连声致谢，道：“大人真乃仁义之君子……”
送别傲天门商队三日后，李旦又来向孙越陵作别，说是身体有恙，要返回日本静养一段时间。
孙越陵对此表示理解，李旦被他儿子李国助囚禁之后，虽然被他救了下来，可郁怒攻心下竟然染上了肺病，咳的越来越严重，服了好几副汤药都于事无补，所以想要返回日本寻觅良医诊断。
眼前的李旦脸色一片苍白，毫无血色，对着他喘息道：“大人……在下实在是有心为大人效力，奈何身子衰弱，只能等到……等到病好了，再来伺候大人……”
孙越陵见他临走都不忘向自己表忠心，心中多少涌起了感动，看着他道：“李老板有心了，你且去日本安心养病吧，等到病好了再来福建便是，本官随时恭候大驾！”
李旦勉强笑了笑，喘了一阵，又道：“只是……只是劣子国助给大人添麻烦了，在下想带他返回日本，从此对他……对他严加管教，好生看束，还请……还请大人应允……”
看来李旦还是担心自己会治他儿子李国助之罪，所以才提出这个请求。孙越陵见他病重至此，心中一软，道：“这个自然，令郎只是受了奸人蒙蔽罢了，相信经过你的苦口相劝，一定会明白为国效力的道理。”紧接着，话锋一转道，“不过，你李家商行在台湾乃至福建的所有生意，往后要交给郑一官来打理，毕竟他是你的义子，也是本官值得信赖之人，未知老板意下如何？”
李旦忙不迭点头，道：“好好，全凭……全凭大人做主。”他的儿子李国助助纣为虐，与明国使节团作对，差一点毁了他的生意根基，这让他心中忐忑不安，唯恐自己建立的庞大生意网受到影响。既然孙越陵嘱意让他的义子郑一官来主掌台湾乃至大陆贸易，他自然是求之不得，好歹郑一官也是他的义子，总比换了别人来强上百倍。
与李旦谈完之后，这个身染重病的大海商终于放下心来，押着他的儿子李国助，登上了前往日本的海船而去。
送走李旦后，整个使节团在热兰遮又停留了半月，等到郑一官已经彻底掌控了李旦留在台湾的生意后，终于登船起航，随着颜思齐船队前往北港。
船行似箭，整个船队在北港码头登陆后，一行人簇拥着孙越陵，顺着新近修好的道路，来到了福建戍民的安扎之地。
艳阳高照之下，只见这一片水道纵横的土地上，建立起了一座座寮寨，整然有序，呈“井”字形分布，中间还建有高大的望台，外围用木栏栅围着，仿佛一个中小型军事营寨。在整个营寨的外围，已经开垦出了大片的田地，无数垦民赶着耕牛、使着犁具劳作期间，场面热火朝天，充满活力。
颜思齐看孙越陵露惊讶的神色，说道：“大人，思齐将这第一批赴台的垦民分为十寨进行管理，发放了银两和农具，每一寨都拨划了土地让他们进行耕种，并鼓励他们到海上捕鱼和山间狩猎，全力发展山海营生。如今不到半年，这些人已经在台湾彻底扎下根来，完全实现了自足自给，且还有产出剩余用来进行贸易之用。”