叶向高沉默片刻，忽然说道：“陛下，罪臣不敢为他说情。微臣只是觉得，向他这样忠心耿耿、为国效命的贤人，突然被定性为一个奸诈无耻的市井小人，微臣顿感难以置信，心中惊诧，这其中，恐怕有不少的原由，恐怕有人存心污蔑，打击构陷。”
天启冷冷道：“这可是孙越陵的亲口供词，又有谁会构陷他，难道锦衣卫审案人员敢欺骗朕吗？”
叶向高接口道：“那是不敢。微臣只是认为，锦衣卫指出的这四大罪状，其实第三大罪和第四大罪都算不上什么事情，根本就是捕风捉影穿凿附会，尤其是孙越陵放走妖首，更是无凭无据无稽之谈，御史黄尊素早就上书驳斥过。”
顿了一顿，道，“至于第一大罪和第二大罪，孙越陵自然是有欺骗朝廷的嫌疑，但是微臣请陛下仔细想想，一个为大明朝廷远赴万里，襄助朝廷兵马打下镇江，来到京师之后，又在‘大明门之变’立下了不小的功劳，扼杀了闻香会攻打皇城阴谋之人，会是一个奸诈无良的小人吗？”
这句话提醒了天启，他凝神想了想孙越陵的所作所为，似乎离一个道德败坏、奸猾乱性的人很远，他的种种作为，反而更像是一个为国为民的忠义之士，登时心中也是一阵犹豫，道：“但这可是他亲口承认的事，难道会有假吗？”
叶向高继续劝谏道：“既然是他亲口承认，想来不会有假。但是古语有浪子回头金不换之谓，也许他以前确实做过一些鸡鸣狗盗之事，但可能那时他迫于生计，只能如此存活于市井之间。后来他历经诸事，渐渐明白了一些为国效命的道理，所以痛改前非，一心为国，成为了一个心怀家国天下的人，也未可知啊！”
抬头看了看天启逐渐变缓的脸色，又道，“自古以来，浪子回头的事情多不胜数，我大明以宽仁贤德治天下，岂能揪住他人以往的过错而不放，这样一来，岂不是寒了天下众人之心，逼得那些犯过错误的人再也没有回头之路，只能一条道路走到黑，成为祸患灾乱的根源吗？”
这句话又捅到了天启的心窝，天启虽然有点大智若愚，但终究比较宽厚，只要别人不是触犯了他的终极利益，他一般也是听之任之，不加指斥，这一点从他善待那些为他父亲泰昌争取到皇位的东林党人就可以看出来。再者，天启扪心自问，他自己也做过许多荒唐胡闹的坏事，又岂是独独孙越陵一个人为之？
天启脸色更是变得缓和，看着叶向高说道：“阁老所言，确实言之有理，我大明素以宽容治天下，岂能因为他人的以往过错，就无视他如今的诸多功绩，将其打入死牢之中，朕不是那样的人！”
叶向高听得此言，心中大喜，他的一番说辞终于没有白费，连忙道：“吾皇圣明，真乃仁德宽厚之君，微臣得以服侍如此君主，真是三生有幸。”
这一通马屁没有白费，天启听得笑了起来，道：“阁老大可宽心，朕是不会忘记孙越陵的功劳的，他毕竟还曾救过朕的一命，就凭这一点，朕也不会亏待了他。”
……
孙越陵一案在审理结果出来后，立刻就闹的朝议纷纷，各党争究不休。
毕竟此事已发，孙越陵不是秀才一事再也不能瞒住众人，朝廷之上也不能容忍一个非科考出身、混迹在市井间的人来担当官员。
但是，支持孙越陵的御史言官们也不再少数，很多人更是引经据典，大谈道理，说既然用了一个人，只要这人能为大明朝廷带来功绩，就算是出身低微卑贱也未尝不可，古有匡衡、苏秦，近有宋濂、顾鼎城，都是出身低微而成就一番事业之人。
当然，这些为孙越陵说好话的大都是东林党人，在首辅和左都御史的授意下，故意如此上折言事，为孙越陵将来的复出打好根基，做好铺垫。
终于，处置孙越陵的圣旨下到了锦衣卫诏狱，天启皇帝亲自批下了八个大字：褫夺功名，暂押听勘。对于孙越陵的其余罪状，则是一字未提。
天启皇帝终于在叶向高的劝言之下，没有对孙越陵做出严厉的处罚。但是，仍旧是剥除了他的功名，这样一来，不仅也可以堵住那些御史言官的嘴，更可以将这件事可能引发的风波给扼杀于无形。
消息传到锦衣卫后，许显纯等人惊诧莫名，心中惊惧，没想到他们费尽心血，诸般施为，还是不能将孙越陵打入死牢，看来此人在天子眼中依然受宠，身后的东林党人更是势力庞大，而他们身后的勋贵内臣一方，还没有足够的力量扳倒朝堂上的东林党人。
想到这，许显纯就气愤不已。崔应元却对他说道：“纵然不能将其彻底打入死牢，但天子毕竟剥夺了他的功名，可见，皇帝陛下也不是全然向着东林党人，只是在平衡各党各派，从中调旋，大和稀泥。他日只要东林势微，我等再从中使力，孙越陵必定死于狱中。”