王谢殷庾等老牌世家,历来就是与桓温处于对立面的,与近十来年才崛起的桓氏不同,这些世家在朝多年,根基深厚,枝叶繁多，桓温虽觉得如骨鲠在喉,一时之间,却很难全部将他们铲除。
如今他内外大权兼于一身,皇帝又是他亲自扶植上去的,自然正是斩除异己的最好时候。因此几乎从司马昱上位一个月开始，他便频繁对庾氏跟殷氏下手了。
皇帝讲求制衡之道,司马昱既然对将来有了忧患,便不会放任桓氏一家独大，是以对桓温的这些举措常持反对态度。毕竟权力是在桓温手上，司马昱自己能掌控的不多，唯一能做的，也不过是在批准桓温提案时尽量拖延。
桓温也感觉到了司马昱对自己不是那么言听计从了，很是恼火。不过，司马昱毕竟是挂了个皇帝的名头的，桓温即使身为大司马，言语上也得对司马昱客气恭敬。
“陛下，臣这样做，也全是为了巩固陛下皇统。若臣真对陛下有异心，当初小女百家求娶，那么多高门世家年轻俊杰臣岂会都不选，惟独将她嫁给了陛下做继室，还扶植陛下登基？”下朝以后，桓温单独求见了司马昱。
这一番话的内容虽然谦卑，语气却桀骜，言外之意，也无不是在彰显自己对司马昱的恩德。当初司马昱对桓姚神魂颠倒，那如痴如狂的样子，若非桓温怜悯他，何必把自己如花似玉的女儿嫁给他一个半老头子，还有之前的废帝另立，若不是他在朝中一手操控，这皇位又怎么会轮得到他司马昱？
如今，司马昱对他的为政举措拖延阻挠，岂非是忘恩负义。
司马昱自然不可能和桓温正面交锋，闻言只是叹息道：“元子，来日方长，何必急在一时惹人诟病？生前事身后名，总得有所顾忌。”
桓温虽说扬言“不能流芳千古便求遗臭万年”，却始终是个好名的人。如今，各大世家明面上几乎都对桓氏十分畏惧了，王谢名流见了桓温，就算是隔得再远，也要遥拜。一些个趋炎附势的文人，也纷纷为桓温歌功颂德，几乎将他吹捧成了大圣人。
听到“身后名”几个字，他想着也不能将司马昱逼得太急，免得后世评说自己早就图谋不轨，胁迫帝王。于是便暂且作罢。
一月后，朝中有人举报司马昱的同父异母兄长司马晞谋反，紧接着，又有多人出来列举司马晞罪证。桓温上奏章请求司马昱处死司马晞，众多桓氏党羽附议。
司马晞历来与殷庾两家甚为亲厚，对桓温也态度嚣张。桓温此举，目标不仅是司马晞，谋反这两个字一旦沾上，便是大罪，牵连甚广，是以桓温对殷庾的意图也很明显了。若尚能明哲保身，殷庾两家也会选择袖手旁观，但如今，火都快烧到他们自己身上了，岂能无动于衷。
于是桓温的提议遭到了殷氏和庾氏的强烈反对，王谢二家也跟着敲边鼓，司马昱顺势就让宗正寺着手调查，暂时只是讲司马晞羁押在府上。
如此温吞的结果，如何能让桓温满足。心说，正面劝不了司马昱，便旁敲侧击吧。自古是“一句枕头风抵得过忠臣万言书”。七女桓姚放在司马昱身边，也该为桓氏出些力了。
于是逢着端午宫宴，桓温亲自去求见了皇后桓姚。
“女儿只能尽力而为，陛下他在政事上，自己有主张，我说了，他也不见得全听。”
桓姚虽说心中痛恨桓温，面上却是没有丝毫流露的。即使做了皇后，也如往日在桓府一样乖巧恭顺，这样的态度，让桓温很是满意。
得了桓姚应承，便离宫而去了。
司马昱得知桓温来找了桓姚，甚为担忧，桓温前脚一走，他便赶到了广明宫，关切地问道：“海棠儿，岳父可有为难你？”
“夫君放心，我无事。父亲他，如今无非就是让我劝说你，我应承了他就不会拿我怎样的。”说完，见司马昱皱着眉头，便又解释道，“夫君莫非以为我真要插手你的政事？不过是敷衍父亲的托辞罢了。”
司马昱摇摇头，“海棠儿多虑了，我怎会怀疑你。我只是……海棠儿，我是否真的很无能，连兄弟都保不住？”他清楚地意识到，如今他能做的也只是与桓温拖延时间，最终的结果，和桓温所提出的要求不会相差太多。这种深深的无力感让他倍感颓丧。
“尽人事听天命吧，时势如此，不怪夫君。”桓姚安慰道，“最坏的打算，也不过是我们独善其身。”
登基的半年来，司马昱常常思虑过度，连白发都多了。
“独善其身，恐怕就要落到海西公一般苟且了。海棠儿，我不能让你跟着我过那种日子。”桓姚的话，排解不了司马昱心中的忧思，废帝司马奕如今被桓温从东海王降为海西公，每日只能沉溺酒色，闭塞聪明颓废度日，以此消除桓温猜忌，保全性命。这是他的前车之鉴，他坚决不想让自己和桓姚落到那个下场。